Počátek Koloděj souvisí s novou cestou z Prahy na východ, která vznikla brzy po opevnění Starého Města pražského za Václava I. v roce 1230.
Roku 1346 je poprvé připomenuta i tvrz Koloděje, která nepochybně už nějakou dobu existovala. Osada dostala své jméno podle kolodějů - kolářů.
Koloděje byly připojeny k hlavnímu městu v roce 1974.
