Část obce, zvaná Lipenec (Lipenetz, Lipence), patřila Ostrovskému klášteru patrně již od jeho založení. První písemná zmínka se zachovala z roku 1268 už jako o majetku biskupství pražského.
Základ dnešní obce Lipence vznikl v polovině 19. století spojením dvou historických obcí, obce Lipenec (včetně osady „pod Kyjovem“) a obce Lipany s panským hospodářským dvorem.
Lipence leží větší částí území na nivě na pravém břehu Berounky v západní části nejjižnějšího výběžku Prahy. Na východě a severovýchodě sousedí s pražskou čtvrtí Zbraslav, na severozápadě a západě tvoří Berounka hranici s Radotínem a Černošicemi, na jihu sousedí s lesními partiemi katastrálního území obce Jíloviště na severním úbočí vrchu Cukráku.
